Müller übernahm die Leitung des Fonds, nachdem der damalige Minister für Umwelt und Natur, Mihael Zmajlović, Dinko Polić und Mario Obrdalj entlassen hatte.
Heute berichteten die Medien, dass Sven Müller seine Position als Direktor des Umwelt- und Energieeffizienzfonds verlässt. Er soll seine Entlassung vom Vorstand beantragt haben. Ob er auf eine bedeutendere Position wartet oder ob dies eine politische Entlassung ist, wird weiterhin spekuliert. Müller übernahm die Leitung des Fonds, nachdem der damalige Minister für Umwelt und Natur, Mihael Zmajlović, Dinko Polić und Mario Obrdalj entlassen hatte. Die Entlassung wurde damit gerechtfertigt, dass er nach der Schaffung des umweltrechtlichen Rahmens erfahrene Mitarbeiter mit spezifischem Wissen und Managementerfahrung benötigte, um die Umsetzungsphase konkreter Projekte im Bereich Umwelt und Energie durchzuführen. Er paraphrasierte die Entlassung damals mit den Worten: „In der zweiten Hälfte brauche ich einen anderen Spielertyp für die Strategie, die ich skizziert habe.“
In den zwei Jahren, in denen er Direktor war, verwandelte Müller die „schlafende“ umstrittene Institution in eine begehrte Investitions-„Braut,“ was viele Bürgermeister und Unternehmer dazu brachte, seine Arbeit zu loben und den Fonds als die effizienteste staatliche Institution hervorzuheben. Auch die Bürger profitierten, da sie großzügige Anreize vom Fonds für die energetische Sanierung von Häusern und Gebäuden, umweltfreundliche Autos und A+++ Geräte erhielten. Er bewies Geschick im Überwinden von bürokratischen Hindernissen der EU, was es dem Fonds ermöglichte, europäische Mittel für Projekte erheblich zu nutzen. Er wurde dafür kritisiert, dass er in den Zagrebtower umgezogen ist, was Müller hartnäckig als Entscheidung der ehemaligen Regierung rechtfertigt. Die aktuelle Verwaltung hat ebenfalls beschlossen, trotz aller wahlkampfbezogenen Ankündigungen in den „umstrittenen“ Büros zu bleiben.
